Euskal Herriko Itsas Foroa gobernatzen duen organoa Zuzendaritza Batzordea da; bertan, Enpresak, Instituzioak, Bankuak, Administrazioa eta Sektoreko Erakundeak eta Elkarteak daude ordezkatuta, eta urtean 2-3 aldiz biltzen da, orokorrean, EHIFren Ekintza plana eta bere ardatz estrategikoak ezartzeko eta berraztertzeko.