Las Capitanías Marítimas son el motor de la Dirección General de la Marina Mercante. España dispone de 30 Capitanías y 78 Distritos Marítimos que tienen competencias en materia de ordenación general de la navegación marítima y ejercen la supervisión y dirección de los distritos marítimos que tienen adscritos. En Euskadi hay dos capitanías: Bilbao y Pasaia, asociadas ambas al Foro Marítimo Vasco. La Capitanía Marítima de Bilbao tiene adscritos los distritos marítimos de Bermeo, Lekeitio y Ondarroa. El capitán marítimo en la actualidad es Francisco García Lascurain.

Entre las competencias se incluye la aplicación de las normas sobre enrole y desenrole de tripulaciones y las relativas a los pasajeros o las personas ajenas a la tripulación y al pasaje; la gestión, organización y administración de los Registros de Buques y Empresas Marítimas en la periferia, la tramitación de los títulos profesionales o de recreo, las inspecciones técnicas de los buques en construcción y las inspecciones operativas a los buques que realizan escalas comerciales en puertos españoles.  Llevan a cabo las inspecciones de seguridad a bordo de los buques, en ocasiones largas y complejas, garantizando que cumplen con la normativa vigente en materia de seguridad y prevención de la contaminación. También la inspección de las mercancías las peligrosas. Por otra parte, autorizan y prohíben la entrada y salida de buques de las aguas españolas y, además, realizan todas aquellas funciones relacionadas con la navegación, seguridad marítima, salvamento marítimo y lucha contra la contaminación en aguas en las que España ejerce soberanía, derechos soberanos o jurisdicción. Las Capitanías están dirigidas por el capitán marítimo y poseen personal técnico experto en seguridad (inspecciones) y en asuntos generales y jurídicos (expedientes sancionadores), apoyados por personal administrativo.

Asimismo, trabajan codo con codo con las Autoridades Portuarias por medio de emisión de informes, elaboración de procedimientos conjuntos o la emisión de resoluciones que son cruciales para garantizar la seguridad marítima y la navegación, facilitar el desempeño de los buques en las áreas portuarias, la coordinación en materia de emergencias marítimas y de contaminación y otro sinfín de actuaciones sin las cuales no se podría llevar a cabo el transporte marítimo sin las garantías suficientes ni hacer frente a las emergencias, tanto de asistencia humanitaria como por episodios de contaminación marítima. En este sentido, la labor de autoridades portuarias y capitanías no se entiende la una sin la otra y ambas se complementan y se enriquecen dentro de la administración marítima.